Posledný fortunaligový gól Škvarku padol na neutrálnej pôde
Vo svojich prvých troch sezónach v najvyššej mužskej súťaži nastupoval ojedinele a presného zásahu sa nedočkal. Napriek tomu sa každým rokom jeho pozícia v zostave vylepšovala, až dostal na rukáv kapitánsku pásku a stal sa jedným z najlepších strelcov Fortuna ligy. Debutový gól Michala Škvarku v najvyššej mužskej súťaži padol na hosťovaní za FC Vion v auguste 2012 a celkom paradoxne ním zabezpečil tri body proti Žiline. O tri roky neskôr patril už medzi najlepších strelcov "šošonov" a v sezóne 2016/17 bol tretím najlepším strelcom celej súťaže.
Pozíciu elitného kanoniera si vybudoval 14-gólovým nástrelom, ktorého značnú časť zaznamenal medzi septembrom a novembrom. Počas deviatich kôl vtedy strelil deväť gólov a len v jedinom stretnutí vyšiel naprázdno. Do tohto obdobia zapadajú aj vysoké výhry 6:0 nad Dunajskou Stredou a 7:0 nad Spartakom Trnava, pričom k obom Škvarka prispel jedným zásahom. Žilina sa s pohodlným 16-bodovým náskokom stala majstrom Slovenska a čo sa týka tohto talentovaného stredopoliara, ten bol v každom ďalšom ročníku lídrom tímu.
Škvarka strieľal góly za žilinský tím do konca sezóny 2018/19 a následne putoval do budapeštianskeho Ferencvárosu. Za tridsaťnásobného majstra Maďarska už stihol skórovať v predkole Ligy majstrov, v Európskej lige, v Pohári, chýba akurát "príspevok" do ligového konta. Na Slovensku si ako jeho posledný gól pamätáme ten, ktorým v máji 2019 prekonal seredského brankára Pavla Penksu. V 13. minúte otváral skóre a o devätnásť minút neskôr zaokrúhlil svoje sezónne strelecké konto na "desiatku". Stretnutie sa hralo na neutrálnej pôde v Bratislave a prihliadalo mu 200 divákov. Pokiaľ ide o štatistiky proti jednotlivým súperom, medzi jeho obľúbených oponentov patrila Senica, Slovan a Spartak. Záhorákom strelil až osem gólov, Bratislavčanom a Trnavčanom zhodne šesť.